Klaster Manajemen Puskesmas bertanggung jawab untuk mengatur berbagai hal penting di Puskesmas, seperti pengelolaan kegiatan utama, administrasi, tenaga kesehatan, fasilitas, kualitas layanan, keuangan, dan hubungan dengan pihak lain yang mendukung Puskesmas.
Klaster Pelayanan Ibu dan Anak menyediakan layanan yang terbagi menjadi 3 kelompok, yaitu: layanan untuk ibu hamil, melahirkan, dan masa nifas; layanan untuk Balita (anak di bawah lima tahun) dan anak pra-sekolah; serta layanan untuk anak usia sekolah dan remaja.
Klaster Penanggulangan Penyakit Menular ditujukan untuk melindungi masyarakat dari penularan penyakit; menurunkan angka kesakitan, kecacatan, dan kematian akibat penyakit menular.
Pelayanan kesahatan yang dilaksanakan untuk mendukung pelayanan pada Klaster 2 (KIA), Klaster 3 (Dewasa dan Lansia), dan Klaster 4 (Penanggulangan Penyakit Menular).